Die Universitätsbibliothek wurde als zentrale Bibliothek der Universität Erfurt bereits ein Jahr vor Gründung der Universität, 1993, ins Leben gerufen. Seither wurden mehrere große und kleine Bibliotheken aufgenommen: Im Januar 1995 wurden 142.000 Bände aus der Bibliothek der ehemaligen kirchlichen Hochschule Naumburg als Dauerleihgabe von der Evangelischen Kirchenprovinz Sachen übernommen.
Zum 1. Januar 2000 wurde die Bibliothek der Pädagogischen Hochschule in die Universitätsbibliothek integriert. Bereits seit 1997 kooperierten die Universität Erfurt und die Pädagogische Hochschule Erfurt in Bibliotheksangelegenheiten.
 
Seit 12. Mai 1999 bildet die Forschungs- und Landesbibliothek Gotha als Forschungsbibliothek Gotha zusammen mit der Universitätsbibliothek Erfurt die Universitäts- und Forschungsbibliothek Erfurt/Gotha. Die Weichen zur Integration dieser bedeutenden Altbestandsbibliothek wurden Ende 1997 gestellt.
 
Im Dezember 2001 wurden die historischen Handschriften- und Buchbestände der Stadt- und Regionalbibliothek Erfurt als Depositum der Stadt Erfurt durch die Universitätsbibliothek Erfurt übernommen. Die Sammlungen stehen seit Oktober 2002 im Sonderlesesaal der UB Erfurt (Amploniana) zur Verfügung.
2002 wurde begonnen, die Bestände der Theologischen Fakultät Erfurt in die Universitäts- und Forschungsbibliothek zu integrieren.
2003 konnte der Freistaat Thüringen mit Unterstützung der Kulturstiftung der Länder die Sammlung Perthes Gotha erwerben. Sie wird durch die Forschungsbibliothek am Standort Gotha betreut.
 
Am 1. April 1998 nahm die Universitätsbibliothek Erfurt den Ausleihbetrieb auf dem Campus der Universität auf. Am 18. September 1998 wurde der Grundstein für den Neubau der Universitätsbibliothek gelegt, am 17. April 2000 zog die Bibliothek in den Neubau um und eröffnete dort am 28. August 2000 den Benutzungsbetrieb. Die Bibliothek arbeitet seit 1. März 1995 im Gemeinsamen Bibliotheksverbund (GBV) mit. Alle Arbeitsvorgänge der Erwerbung, Erschließung und Ausleihe erfolgen EDV-gestützt.