Monographien
Frühneuzeitliche Selbsterhaltung. Telesio und die Naturphilosophie der Renaissance, Tübingen: Niemeyer 1998. (Dissertation)
Monadenlehre, Hermetik und Deismus. Georg Schades geheime Aufklärungsgesellschaft 1747-1760, Hamburg: Meiner 1998.
Die drei Ringe. Toleranz und clandestine Gelehrsamkeit bei Mathurin Veyssière La Croze (1661-1739), Tübingen: Niemeyer 2001
Moderne aus dem Untergrund. Radikale Frühaufklärung in Deutschland 1680-1720, Hamburg: Meiner 2002. (Habilitationsschrift)
Freigeister im Gottsched-Kreis? Wolffianismus, studentische Aktivitäten und Religionskritik im Leipzig der Jahre nach 1740, Göttingen: Wallstein 2007
Die unanständige Gelehrtenrepublik. Wissen, Libertinage und Kommunikation in der Frühen Neuzeit, Stuttgart: Metzler 2007
(engl. Übers.: Decorum and Discorder: The Republic of Letters 1550-1750, Ann Arbor: University of Michigan Press, 2009)
Herausgegebene Werke
Johann Lorenz Mosheim 1693-1755. Theologie im Spannungsfeld von Philosophie, Philologie und Historie, Wiesbaden: Harassowitz (Wolfenbütteler Forschungen Bd. 77), 1997 (mit R. Häfner, H. Zedelmaier und F. Neumann)
Skepsis, Providenz, Polyhistorie. Jakob Friedrich Reimmann 1668-1743. Tübingen: Niemeyer (Hallesche Beiträge zur europäischen Aufklärung 7) 1998 (mit H. Zedelmaier)
Friedrich Wilhelm Bierling, Dissertationes selectae (De origine mali. Dissertatio de pyrrhonismo historico. De superstitione adhibita tanquam arcano dominationis. De caussis cur nonnulli eruditi nihil in lucem emiserint) Con una introduzione di Martin Mulsow. Lecce: Conte editori (Aurifodina philosophica), 1999
Georg Schade, Die unwandelbare und ewige Religion der ältesten Naturforscher und Adepten. Materialien. Stuttgart: Frommann-Holzboog (Freidenker der europäischen Aufklärung), 1999
Die Praktiken der Gelehrsamkeit in der Frühen Neuzeit, Tübingen: Niemeyer (Frühe Neuzeit 64) 2001 (mit H. Zedelmaier)
Das Ende des Hermetismus. Historische Kritik und neue Naturphilosophie in der Spätrenaissance. Eine Dokumentation zu der Debatte um die Datierung der Hermetischen Schriften von Genebrard bis Casaubon. Tübingen: Mohr-Siebeck (Religion und Aufklärung) 2002
The Berlin Refuge 1680-1780. Theology, Learning and Science in European Context. Leiden: Brill (Brill’s Studies in Intellectual History) 2003 (mit S. Pott und L. Danneberg)
Secret Conversions to Judaism in Early Modern Europe. Leiden: Brill (Brill’s Studies in Intellectual History) 2004 (mit R. H. Popkin)
Socinianism and Arminianism. Antitrinitarians, Calvinists and Cultural Exchange in 17th Century Europelace. Leiden: Brill 2005 (mit J. Rohls)
Konstellationsforschung. Frankfurt: Suhrkamp 2005 (mit M. Stamm)
Giovanni Pico della Mirandola: De ente et uno (lat./dt), Hamburg: Meiner 2006 (mit P. R. Blum, E. Rudolph u. a.)
Sintflut und Gedächtnis. Erinnern und Vergessen des Ursprungs. München: Fink 2006 (mit J. Assmann)
Richard Popkin: Mit allen Makeln. Erinnerungen eines Philosophiehistorikers, Hamburg: Meiner 2008
Think Tanks (Zeitschrift für Ideengeschichte III/3, 2009) (mit Tim B. Müller)
Spätrenaissance-Philosophie in Deutschland 1570-1650. Tübingen: Niemeyer 2009
Vergangenheit und Zukunft der Moderne. Frankfurt: Suhrkamp (im Druck) (mit U. Beck)
Die Cambridge School der politische Ideengeschichte. Frankfurt: Suhrkamp 2010 (mit A. Mahler)
Between Philology and Radical Enlightenment: Hermann Samuel Reimarus. Leiden: Brill 2011
Texte zur Theorie der Ideengeschichte. Stuttgart: Reclam (im Druck) (mit A. Mahler)
