Die Betreuung im jeweiligen Forschungsteam erfolgt in zweifacher Weise: Wird der/die Nachwuchswissenschaftler/in angenommen, erhält er/sie einerseits eine/n Betreuer/in. Mit diesem/r ist jedes Semester ein persönliches Beratungsgespräch zu führen. Zudem ist ein Kollo­quiumstermin zu bestreiten, bei dem ein Teil der Arbeit vorgestellt wird.

Bei Aufnahme in das Programm wird zwischen Forschungsteam und Doktorand/in bzw. Postdoktorand/in eine verbindliche schriftliche Vereinbarung über die beiderseitigen Verpflichtungen während der Qualifikationsphase geschlossen. Die im Rahmen des EPPP universitätsweit zu verwendende Mustervereinbarung legt der Forschungsausschuss fest.

Der/die Betreuer/in ver­pflichtet sich, als möglicher Gutachter der Qualifizierungsarbeit zur Verfügung zu stehen. Andererseits wird jede/r Nachwuchswissenschaftler/in in ein Forschungsteam eingebunden, das seinen Forschungskontext bildet und so eine „Teambetreuung“ ermöglicht. Die Forschungsteams bestehen aus mindestens vier Wissenschaftlern der Universität Erfurt, davon drei zur Betreuung von Promotionen berechtigten. Die Teams können disziplinär wie interdisziplinär angelegt sein und mit Wissenschaftlern anderer Universitäten kooperieren. Mehrfachmitgliedschaften in mehreren Forschungsteams sind mög­lich; der Umfang der jeweiligen Beteiligung sollte dabei deutlich sein.
Graduiertenkollegs z. B. stellen solche Forschungsteams dar.