Das Institut für Evangelische Theologie an der Universität Erfurt verbindet drei Lehrstühle: den Lehrstuhl für Evangelische Theologie und Kulturgeschichte des Christentums in der Philosophischen Fakultät sowie die Lehrstühle für Bibelwissenschaften und für Religionspädagogik in der Erziehungswissenschaftlichen Fakultät. Neben der Forschung wirkt es vor allem in der Ausbildung evangelischer Religionspädagogen sowie in den Studiengängen der Religionswissenschaft mit.

Das Interdisziplinäre Forum Religion (IFR) ist eine zentrale Einrichtung der Universität Erfurt. Ziel des IFR ist die Intensivierung gemeinsamer Forschung und Lehre über religionsbezogene Themen. Im IFR haben sich Wissenschaftler und Wissenschaftlerinnen aus Religionswissenschaft und Theologie, Soziologie, Geschichts- und Literaturwissenschaft etc. zusammengeschlossen. Sie sind maßgeblich an Forschungsprojekten wie „Mobilisierung von Religion in Europa“, „Religionen in Nachbarschaft und Nachbarschaft von Religionen in Europa“ und „Medien der Sakralität - Praktiken der Sakralisierung“ beteiligt. Aus den Aktivitäten des Forums ist in den vergangenen Jahren eine Reihe von Publikationen entstanden. Das Promotionszentrum des IFR dient der Förderung des wissenschaftlichen Nachwuchses.

Am Max-Weber-Kolleg forschen führende Vertreter kultur- und sozialwissenschaftlicher Fächer aus aller Welt zusammen mit ausgewählten Doktoranden und Habilitanden. International erfahrene Wissenschaftler und Wissenschaftlerinnen aus den Bereichen Soziologie, Religionswissenschaft, Theologie, Philosophie, Rechtswissenschaft, Geschichtswissenschaft und Wirtschaftswissenschaft kommen für ein bis fünf Jahre an dieses Institute for Advanced Study, um sich intensiv ihrer Forschung zu widmen, und betreuen dabei die entstehenden Qualifikationsarbeiten von Nachwuchswissenschaftler und Wissenschaftlerinnen. Thematisch orientiert sich das Kolleg an einem Forschungsprogramm im Geiste Max Webers; darunter ist eine interdisziplinäre, auf die Sozialwissenschaften ausgerichtete Orientierung mit großer historischer Tiefe, in globaler Perspektive und unter Einschluss normativer Fragen zu verstehen.

Die einzige Fakultät für katholische Theologie in Ostdeutschland stellt sich in ihrer Arbeit insbesondere den Herausforderungen einer stark säkularisierten Gesellschaft. Die „Forschungsstelle für kirchliche Zeitgeschichte“ untersucht die Geschichte der katholischen Kirche in Mitteldeutschland im 20. Jahrhundert. Der Forschungsschwerpunkt „Minderheit – Mission – Migration“ bündelt Forschungsaktivitäten, hier werden Fragestellungen untersucht, die für Kirche und Theologie regional und international von Bedeutung sind. In der Masterclass „Theologie intensiv“ fördert die Fakultät angehende Theologinnen und Theologen mit besonderer wissenschaftlicher Begabung. Die Fakultät kooperiert eng mit Fakultäten und Instituten in Europa und Nordamerika, die in vergleichbaren kulturellen und gesellschaftlichen Kontexten arbeiten.

Das Profil der Religionswissenschaft prägen Lehrstühle für Evangelische Theologie und Kulturgeschichte des Christentums, Islamwissenschaft, Judaistik, Orthodoxes Christentum, Vergleichende Religionswissenschaft sowie eine Honorarprofessur für Antike Religionsgeschichte. Das Seminar für Religionswissenschaft bearbeitet die europäische, west- und südeuropäische Religionsgeschichte von der mediterranen Antike bis in die Gegenwart. Es bietet BA- und MA-Studiengänge, die ebenso einen Weg in das Lehramt Ethik wie in die Promotionsprogramme der Graduiertenschule Religion eröffnen.