- Graduiertenschule Religion in Modernisierungsprozessen
- Theologisches Forschungskolleg
- Kolleg-Forschergruppe: Religiöse Individualisierung in historischer Perspektive
- Nachwuchsforschergruppe Religiöse Rituale in historischer Perspektive
- Graduiertenkolleg 1412 Kulturelle Orientierungen und gesellschaftliche Ordnungsstrukturen in Südosteuropa
- Schwerpunktprogramm 1173 "Integration und Desintegration der Kulturen im europäischen Mittelalter"
- Graduiertenkolleg 896 (Götterbilder)
- Forschungsstelle für Kirchliche Zeitgeschichte Erfurt (FKZE)
- Minderheit - Migration - Mission. Katholizismus im öffentlichen Raum Mittel- und Ostdeutschlands
- Projekt Cluster: Jüdisches Heiliges Römisches Reich (JHRR)
- Forschungsgruppe (ERC): A History of European-Jewish Communication in the 20th Century
- Netzwerk "Gabe - Beiträge der Theologie zu einem interdisziplinären Forschungsfeld"
- Projekt "Historisierung von Religion"
