Der Hochschulrat gibt Empfehlungen zur Profilbildung der Universität und zur Schwerpunktsetzung in Forschung und Lehre sowie zur Weiterentwicklung des Studienangebotes. Er ist für die Wahl und Abwahl des Präsidenten und des Kanzlers zuständig. Die Grundordnung der Universität, die Struktur- und Entwicklungspläne sowie die Grundsätze für die Ausstattung der Mittelverteilung bedürfen seiner Beschlussfassung, unter Berücksichtigung der Stellungnahme des Senats. Der Hochschulrat nimmt Stellung vor dem Abschluss von Ziel- und Leistungsvereinbarungen der Universität mit dem Ministerium, zu Entscheidungen des Präsidiums nach § 3 Abs. 2 S. 2 Nr. 10 und zu den Anträgen nach § 4 ThürHG. Des Weiteren nimmt der Hochschulrat den Jahresbericht des Präsidiums entgegen.

Die Aufgaben des Senats sind unter anderem die Mitwirkung bei der Wahl bzw. Abwahl des Präsidenten und des Kanzlers sowie bei der Bestimmung der Mitglieder des Hochschulrats, die Bestätigung von Vizepräsidenten, aber auch Beschlussfassungen über die Einrichtung, Änderung und Aufhebung von Fakultäten, die Stellungnahme zu den Struktur- und Entwicklungsplänen und deren Fortschreibung, die Stellungnahme vor Abschluss von Ziel- und Leistungsvereinbarungen der Universität mit dem Ministerium, bei Berufungsvorschlägen oder der Gebührenordnung der Hochschule. Außerdem beschließt der Senat die Verleihung der Ehrensenator- und Ehrenbürgerwürde.