Die Entstehung der einzigartigen Gothaer Sammlungen ist auf das Engste verbunden mit der Geschichte des Gothaer Hofes und der europäischen Hofkultur des 17. und 18. Jahrhunderts. Die überaus reichen Bestände des ehemaligen Geheimen Archivs bieten zudem die Möglichkeit, am Beispiel Gothas auf exemplarische Weise die Strukturen einer mittelgroßen deutschen Residenz zu erforschen. Die Erforschung des Gothaer Hofes und seiner europäischen Verflechtungen in politischer wie auch in kultureller Hinsicht zählen daher zu den bevorzugten Gebieten der Forschungstätigkeit des Forschungszentrums. Die Themen reichen dabei von klassischen geschichtswissenschaftlichen Fragen wie Politik, Diplomatie, Militär und Finanzen bis hin zur Erforschung des Gothaer Hofes als eines eminenten kulturellen und wissenschaftlichen Zentrums oder der sozialen Realität von Afrikanern an den deutschen Höfen der Frühen Neuzeit. Im Fokus entsprechender Untersuchungen stehen derzeit das Hofzeremoniell, die herzoglichen Finanzen, die Wissensgeschichte des gothaischen Militärs und die Erschließung der entsprechenden Quellen sowie die Praktiken der Geheimdiplomatie, die Korrespondenz der Gothaer Herzogin Luise Dorothea (1710–1767), Selbstzeugnisse adeliger Hofbeamten, die Naturwissenschaften am Hof Ernsts II.  sowie die Person des aufgeklärten Fürsten. Zwei große Tagungen zu „Rudolph Zacharias Becker und das intellektuelle Gotha" sowie zu Herzog August haben 2022 zudem ein breites Panorama von Wissenschaft, Kunst und Musik in Gotha um 1800 gezeichnet und dabei auch die Rolle des um den Hof herum angesiedelten intellektuellen und bürgerlichen Milieus in der Stadt untersucht.

Die Erforschung der Vergesellschaftung im 18. Jahrhundert gehört ebenfalls seit längerem zu den Schwerpunkten des Forschungszentrums. An erster Stelle stehen hier die Forschungen zu Geschichte des Illuminatenordens, dessen Wissensproduktion zunächst im Rahmen eines DFG-Projektes zu den Illuminatenaufsätzen der Spätaufklärung untersucht wurde. Daraus hervorgegangen sind zum einen die Gotha Illuminati Research Base, die inzwischen Teil des übergeordneten FactGrid-Projektes ist, zum anderen die Arbeitsstelle Illuminatenforschung, die regelmäßig Tagungen und Workshops veranstaltet und die laufenden Forschungen zur Geschichte des Ordens – darunter die beabsichtigte Digitalisierung der berühmten „Schwedenkiste“ – koordiniert. Durch die Verflechtungen mit dem Orden ist zudem auch die 1772 gegründete Freimaurerloge in den Fokus gerückt, der 2023 eine große, in Kooperation mit dem Forschungszentrum konzipierte Ausstellung der Stiftung Schloss Friedenstein gewidmet ist.  

Darüber hinaus stellt die Aufklärung in all ihren Facetten einen Schwerpunkt der Forschungen am FZG dar. Dies reicht zeitlich gesehen von der Frühaufklärung bis zur „Sattelzeit“ um 1800 und inhaltlich von der Auseinandersetzung mit historisch-philosophischen Konzepten von Aufklärung über die Beschäftigung mit bekannten Autoren wie Lessing bis hin zur Radikalaufklärung und der Erkundung des sogenannten Untergrundes, etwa im Zusammenhang mit der Graduiertenschule "Religion und Aufklärung: Heterodoxie, Dissidenz und Subversion 1650–1750", sowie verbotenen Büchern und Gattungen wie der Pornographie. Im September 2023 wird sich eine internationale Tagung anlässlich des 300. Geburtstages von Friedrich Melchior Grimm (1723–1807), des eminenten Vermittlers der Ideen der französischen philosophes in Mittel- und Ostereuropa, mit der Rolle Gothas in dessen europäischen Netzwerken beschäftigen.