Das HES wurde von 2004 bis 2019 von der Fritz Thyssen Stiftung gefördert, 2020 übernahm dann die Ernst-Abbe-Stiftung die Finanzierung. Seit 2004 hat das Programm mehr als 400 Wissenschaftler*innen aus aller Welt Forschungsaufenthalte in Gotha ermöglicht. Oft entsteht dabei aus dem nur einige Monate dauernden Aufenthalt ein lang anhaltendes Interesse an den Gothaer Beständen und Themen. Etliche Alumni des Programms sind nach ihrem Aufenthalt noch einmal mit einem über mehrere Jahre laufenden Drittmittelprojekt nach Gotha zurückgekehrt oder haben sich dort sogar dauerhaft beruflich niedergelassen. Andere schicken – nun als Professor*innen – ihre Doktorand*innen wieder nach Gotha.
Auch um das HES herum hat sich in den vergangenen Jahren ein breites Spektrum maßgeschneiderter Stipendien in Gotha entwickelt: So gibt es beispielsweise am Forschungskolleg Transkulturelle Studien/Sammlung Perthes seit 2021 ein Programm zur Förderung von Nachwuchswissenschaftler*innen der Universität Mekelle in Nordäthiopien, finanziert von der Gerda Henkel Stiftung. Diese Initiative geht auf den ehemaligen Herzog-Ernst-Stipendiaten Dr. Wolbert Smidt (Friedrich-Schiller-Universität Jena/Mekelle University) zurück. Die Gerda Henkel Stiftung fördert zudem seit 2024 am Forschungszentrum Gotha das innovative Tandem-Stipendium für globale Ideengeschichte. Hier steht ein kollaboratives Format wissenschaftlicher Arbeit im Mittelpunkt, in dem sich zwei Forschende aus verschiedenen Kontexten mit ihren fachlichen und sprachlichen Kompetenzen sinnvoll ergänzen sollen, um ein gemeinsames Projekt zu bearbeiten. Die diesjährigen Fellows, Dr. Eleonora Travanti und Dr. Zahra Donyai, haben sich als Stipendiatinnen eines Landesprogramms in Gotha kennengelernt. An der Forschungsbibliothek Gotha ist überdies seit 2021 jährlich ein*e Schriftsteller*in zu Gast, um für neue belletristische oder dramatische Projekte in den Beständen zu recherchieren oder sich inspirieren zu lassen. Das Bibliotheksstipendium zur literarischen Recherche wird von der Kulturstiftung des Freistaats Thüringen, der Literarischen Gesellschaft Thüringen e.V. sowie dem Freundeskreis der Forschungsbibliothek Gotha e.V. und dem Forschungszentrum Gotha getragen. Außerdem finanziert die Dorothee-Wilms-Stiftung seit 2024 ein Stipendium für Post-Docs aus Osteuropa, die an den Standorten Gotha, Halle und Wolfenbüttel mit frühneuzeitlichen Sammlungen arbeiten möchten. Und die Dr. phil. Fritz Wiedemann-Stiftung unterstützt seit diesem Jahr das neueste Förderformat am Forschungscampus, das Luise-Dorothea-Stipendium für Hofkulturforschung.